Captain America: Digmaang Sibil nagsiwalat ng maraming madilim na lihim na nakapalibot sa ilan sa mga kilalang tauhan ng pelikula. Habang ang pinakamalaking ibunyag ay pinatay ng Winter Soldier (Sebastian Stan) ang mga magulang ni Tony Stark (Robert Downey Jr.), maraming iba pang mga paghahayag na nagkalat sa buong pelikula. Halimbawa, ang pagkamatay ni Peggy Carter (Hayley Atwell) ay nagpakita ng sarili nitong mga isiniwalat sa kapwa theatrical cut at mga tinanggal na eksena.
Sa libing ni Peggy, inihayag ni Sharon Carter (Emily VanCamp) na siya ay pamangkin ng matandang apoy ni Steve Rogers (Chris Evans), ngunit hindi lamang ito ang lihim ng pamilya na napagtanto ang bayani. Habang ginugol niya ang oras sa simbahan nang mag-isa, pinoproseso ang pagkamatay ni Peggy, si Natasha Romanoff (Scarlett Johansson) ay lumakad upang matiyak na ang kaibigan niya ay hindi nag-iisa. Habang ang cut ng theatrical ay isang maikling pag-uusap na nakatali sa kung sino ang at hindi nag-sign ng Mga Kasunduan sa Sokovia, ang isang tinanggal na eksena ay naglalaman ng isang pangunahing piraso ng nakaraan ng Black Widow.
Sa eksena, pinag-usapan ni Steve kung paano siya nagulat na buhay pa si Peggy pagkatapos niyang lumabas mula sa yelo. Ipinaalala sa kanya ni Natasha kung gaano kahalaga kay Peggy din na ang dalawa ay nakakonektang muli habang may oras pa. Ipinaliwanag din ni Nat kung paano ang kanyang desisyon na mawala at makahanap ng isang bagong pagkakakilanlan kasunod ng mga kaganapan ng Captain America: The Winter Soldier nakatali sa nararamdaman ni Steve.
Matapos ang pagbagsak ng S.H.I.E.L.D., nagpasya si Natasha na pumunta at tuklasin ang higit pa tungkol sa kanyang pamilya. Ang tinanggal na eksena, 'Extended Peggy's Funeral,' ay lalong natunaw sa katotohanan hinggil sa kapalaran ng kanyang mga magulang. Tulad ng ipinaliwanag niya, ang paghahanap ni Nat ay humantong sa kanya sa dalawang gravestones sa pamamagitan ng isang chain-link na bakod. Sa isang uri ng pagsasara, hinila ni Nat ang ilang mga damo at iniwan ang mga bulaklak sa gravesite. Tinapos niya ang kanyang kwento sa pamamagitan ng pagpapaalala kay Steve na 'mayroon kaming kung mayroon tayo kapag mayroon tayo nito.'
Ang tauhan ni Nat ay nabuo sa pagkawala at pagtitiyaga. Nawalan siya ng isang pamilya sa Ang Sundalong Taglamig nang S.H.I.E.L.D. ay nawasak, ngunit sumandal siya sa Avengers bilang isa pang bahay na maaari niyang makuha ang isang habol. Ipinaalala niya kay Steve na ang mahalaga ay ang oras na mayroon siya sa mga taong mahal niya, na hindi nakuha ni Nat sa kanyang mga magulang. Sa Mga Kasunduan sa Sokovia, nanganganib muli ang kanyang pamilya at hindi maiwasang maghiwalay pababa sa gitna. Sa huli, ang kanyang kamatayan sa Mga Avenger: Endgame ay isang bagay na tumulong na ibalik silang magkasama.
Captain America: Digmaang Sibil ipinakita na ang tunay na katapatan ng Black Widow ay nakasalalay sa kanyang pamilya. Ang kanyang desisyon na lumipat ng panig sa pangatlong kilos ay nagsilbing isang mahusay na halimbawa nito. Gayunpaman, ang tinanggal na eksena kung saan tinalakay niya ang kanyang yumao na mga magulang ay nakatulong na magdagdag ng isa pang layer sa kanyang pagtuon sa pamilya habang hinuhulaan din ang kanyang pitik sa pelikula. Sa kasamaang palad, ang mga tinanggal na eksena ng Marvel Cinematic Universe ay hindi itinuturing na canon, kaya't hindi malinaw kung ang impormasyong ito ay magdadala sa pangunahing pagpapatuloy.
