Ang Assassin's Creed palaging sinabi ng franchise ang kuwento nito mula sa pananaw ng Assassin Order. Sa pagwawagi ng Order ng Templar para sa kapayapaan sa pamamagitan ng pag-aalis ng malayang pagpapasya, palaging malinaw na kung sino ang nasa tama. Gayunpaman, mayroong isang pamagat na ipinakita ang pananaw ng Order ng Templar - at kung paano ang isang turncoat ay halos nawasak ang Kolonyal na Kapatiran ng Mga Assassin.
Assassin's Creed Rogue ipinakilala ang isang batang mamamatay-tao na nagngangalang Shay Patrick Cormac, na miyembro ng American Brotherhood bago pa ang Seven Years War. Siya at ang kanyang kaibigan na si Liam O'Brien ay inatasan na manghuli ng mga artifact na pinaniniwalaan ng Order na nakatali sa mga Pieces ng Eden. Ang mga ito ay umiiral nang matagal bago ang pagsilang ng Kredo at nagtataglay ng napakalaking kapangyarihan na, kung ang mga Templar ay makakakuha ng kontrol sa kahit isa sa kanila, maaari nilang alipin ang buong sangkatauhan.
Natagpuan ng pares ang isang artifact sa isang sinaunang templo sa ilalim ng Lisbon. Gayunpaman, kinuha ito ni Shay na nagpalitaw ng isang lindol na pumatay at napadpad ng libu-libo. Ang karanasan na ito ay humantong sa kanya upang maniwala na ang mga Assassin ay walang pakialam sa mga inosente, ngayon tinitingnan sila bilang kabaligtaran ng mga bayani na akala nila. Tinalikuran ni Shay ang Order, inilagay sa peligro ang kanyang buhay habang hinabol siya ng mga kasama. Sa kalaunan ay natagpuan niya ang kanyang daan patungo sa Colonial Rite ng Templar Order, at mula roon, kumampi siya sa sinumpaang kaaway ng Assassin at nanumpa na panatilihin ang kanyang mga dating kasamahan mula sa paghanap ng ibang templo.
Sa panahon ng Pitong Taong Digmaan, hinabol ni Shay ang kanyang matandang kasosyo sa mamamatay-tao kasama ang Templar Grandmaster, Haytham Kenway. Si Haytham ay anak ng pirata na mamamatay-tao na si Edward Kenway, ngunit siya ay lumaki upang sundin ang mga Templar. Sa paglipas ng mga taon, sina Haytham at Shay ay nakakuha ng matibay na pagtapak sa mga Kolonya at nagwagi sa Pitong Taong Digmaan para sa mga Templar. Tinanggal din niya ang ilan sa pinakamakapangyarihang miyembro ng Kolonyal na Kapatiran.
Ang rurok ng Assassin's Creed Rogue Nakita si Shay na pumatay sa kanyang matandang kaibigan na sina Liam at Haytham, na pinapalo ang kanilang pinuno, si Achilles Davenport. Sa loob ng pitong taon, ang Assassins ay hindi organisado at walang pamumuno habang kinokontrol ni Shay at ng mga Templar ang mga kolonya mula sa mga anino. Hindi ito magiging pitong taon hanggang sa dumating ang anak ni Haytham na si Connor at magpatuloy kung saan tumigil si Achilles sa pamamagitan ng pag-aalis ng banta ng Templar sa Amerika at pagtulong sa tagumpay ng bansa laban sa korona ng British sa panahon ng isa sa pinakamahalagang salungatan sa kasaysayan, ang American Revolution.
Patuloy na nagtatrabaho si Cormac kasama ang Order ng Templar, na nangangaso ng mga sinaunang artifact na makakatulong sa kanila na magkaroon ng laban laban sa mga Assassin. Habang si Connor ay nagpatuloy upang palayain ang mga Kolonya, si Shay ay nasa Paris, na tungkulin na pumatay sa isang Assassin na may hawak na isang sagradong kahon na maaaring mag-unlock ng mga sinaunang lihim at umiral hanggang sa pagpatay ng Tsino na si Shao Jun. Ang Assassin na pinatay niya ay ang ama ni Arno Dorian, isang assassin na tutulong palayain ang Paris sa Assassin's Creed Unity . Kahit na hindi sinira ni Shay Cormac ang Amerikanong Kapatiran ng Assassins, ipinakita niya kung gaano kabilis sila masira kapag ang isa sa kanila ay lumipat ng panig.
