Batman Beyond nag-aalok ng isang natatanging bagong iuwi sa ibang bagay sa pamilyar na mitos ng Batman. At habang ang DC Animated Universe ay gumawa ng isang kamangha-manghang trabaho ng pag-set up ng halos lahat ng labis na animated na pagpapatuloy, Batman Beyond umunlad ang kuwentong iyon sa hinaharap at nagpakita ng mga wakas para sa mga komiks ng mga character na napakabihirang mag-pin down. Sa ilang mga kaso, nakukuha ng mga tauhan ang masayang pagtatapos na palagi nilang nararapat, ngunit marahil ang pinakamalaking trahedya ng DCAU ay ang sidekick ni Batman na si Robin at ang kapalaran na sinapit sa kanya sa mga kamay ng Joker.
Sa kasalukuyang timeline ng Batman: Ang Animated Series, Natuklasan ni Bruce ang kapwa ulila na si Dick Grayson at dinala siya sa ilalim ng kanyang pakpak. Ang pabago-bagong duo nina Batman at Robin ay lalabanan ang krimen nang maraming beses, ngunit sa paglaon, isang schism ang nabuo sa kanilang pagsasama at lumipat si Dick sa kalapit na Blüdhaven upang maging Nightwing. Ang isang bagong ulila, ang batang si Tim Drake, ay naging bagong Robin, at Batman Beyond: Pagbabalik ng Joker sa kalaunan ay ibubunyag ang kanyang kapalaran sa DCAU.
Ang kwento ni Drake sa DCAU ay palaging isang halo ng tauhan mula sa komiks at sa kuwento ni Jason Todd, na kilala bilang Robin na namatay sa kamay ng Joker. Sa komiks, nagbalik si Todd upang sumailalim kay Batman bilang Red Hood, isang malas na paalala ng mga kasalanan noon. Nagawa ng DCAU na maabot ang marami sa parehong mga beats na ito gamit ang Drake habang inilalagay ang kanilang sariling natatanging pagikot dito.
Sa Pagbabalik ng Joker , nalaman ng bagong Batman ng 2040 na bago magretiro si Bruce Wayne at lalong ihiwalay mula sa mga nasa paligid niya, siya at si Tim Drake ay nagkaroon ng pangwakas na laban kay Joker. Matapos nawala si Tim sa loob ng 3 linggo, natuklasan siya ni Batman sa inabandunang Arkham Asylum kung saan pinahirapan siya ng Joker para sa impormasyon at pinaglabasan siya ng utak bilang isang min-Joker. Ang malubhang nabalisa na binatilyo ay nakabukas ang Joker at tila pinatay siya minsan at para sa lahat, magpakailanman na nag-trauma kay Tim at pinipilit siyang magretiro.
Ngunit ang kuwento ni Tim ay malayo pa sa huli. Nang tila na nakaligtas si Joker sa kanyang maliwanag na kamatayan, Pagbabalik ng Joker isiniwalat ang Clown Prince of Crime at Tim Drake ay iisa at pareho. Habang si Tim ay bihag ng Joker, na-encode ng kontrabida ang kanyang DNA ng pang-eksperimentong teknolohiya na maaaring mapigilan ang katawan at isip ni Tim ng pisikal at mental na mga katangian ng kanyang sarili. Nangangahulugan ito na ang Joker ay hindi lamang nakaligtas sa kanyang pagkamatay ngunit nagdagdag din ng insulto sa malawak na pinsala sa psychic kay Batman dito.
Sa pagpapatuloy ng DCAU na madalas na naglalagay ng sarili nitong pag-ikot sa mga kaganapan mula sa komiks, si Drake na naging Joker ay sabay-sabay isa sa mga pinaka-imbento at pinaka matapat na paraan upang maiakma ang isang pangunahing bahagi ng mga alamat ng Batman. Ang pagdurusa ng ilang mga pagpipigil sa katayuan nito bilang isang 'cartoon's kid,' ang animated na pelikulang ito ay nagawang ilarawan ang isang kwento na madilim at nakakagambala. Si Batman ay isang nakalulungkot na pigura, at kung ano ang tama kasama nito ay ginagawang kumpay para sa trahedya.
