Masamune Shirow's Ghost sa Shell ay pinakamahusay na kilala para sa tackling transhumanism at pilosopiya tungkol sa kamalayan. Ang Transhumanism ay ang ideya na ang mga tao ay maaaring magbago nakaraan kung ano ang maaring mag-alok ng kanilang sariling mga katawan at isipan sa tulong ng agham at teknolohiya. Sa pamamagitan ng mga mata ng bantog na serye na si Makoto Kusanagi, a.k.a. Ang Major, makikita ng mga manonood kung paano makakaapekto ang mga ideyang ito sa lipunan. Ang isang video game batay sa konsepto ay magiging isang perpektong akma para sa franchise, hangga't ang isang matatag na kuwento ay maaaring i-back up ito.
SA Ghost sa Shell papayagan ng karanasan ng pangatlong tao ang mga manlalaro na kontrolin ang Major habang sinusukat niya ang matataas na pagtaas ng isang cyberpunk Japan, paglutas ng mga kaso para sa Public Security Seksyon 9. Kasunod ng isang maikling tutorial, ang balangkas ay sisimulan sa pag-ikot sa bagong teknolohiya ng virtual reality na tila nakawin ang kamalayan ng mga manlalaro nito, na iniiwan ang catatonic ng kanilang mga katawan. Dahil ang Major ay kumpleto na sa cybernetic at ang kanyang 'multo' o kaluluwa ay hindi estranghero sa paglipat ng mga form, siya ang pangunahing kandidato upang makipagsapalaran sa teknolohiyang ito at alisan ng takbo ang misteryo.
Sa pamamagitan ng paglipat mula sa pisikal na mundo patungo sa digital na mundo, ang matalinhagang linya sa pagitan ng kung sino ang 'manlalaro' ng laro ay malabo. Sa katotohanan, kinokontrol ng manlalaro ang Makoto kahit ano pa man, ngunit ang salaysay ng butas ng kuneho ay lumalalim nang mas malalim kinokontrol ng manlalaro ang Makoto , pagkontrol sa sarili. Ang mas malalim na mga katanungan ay hindi magsisimulang lumabas hanggang sa midway point ng laro bilang virtual na mundo na naglalakbay ang manlalaro sa mga kilos bilang isang pabago-bagong kapaligiran, paglilipat ng panahon at mga kaaway ayon sa kagustuhan nito.
Habang umuusad ang laro, makakaharap ng mga manlalaro ang mga tao na ang mga kamalayan ay ninakaw, at ipinapaliwanag nila kung paano walang gaanong pagkakaiba sa pagitan ng virtual na mundo at ng kanilang sarili. Ang mga manlalaro ay maaaring magtanong at tulungan pa ang mga taong ito upang alisan ng takip ang kanilang kwento at mga nakapaligid na kwento. Ang mga pagpipilian sa dayalogo ay nagsisilbing mga piraso ng mas malaking ideya na anuman ang mga shell na naninirahan sa mga tao, ang kanilang aswang ay kung ano ang nakikita ang kanilang realidad. Ang landas ng panganib na sinusundan ni Makoto ay magdadala sa kanya sa pangunahing kalaban ng laro at isang paghahayag na hindi makikita ng manlalaro na darating.
Sa wakas, ang pagharap sa tagapangasiwa ng mapanganib na mundo ng VR ay ang tagalikha ng laro bilang isang labanan sa boss na hindi gaanong tungkol sa isang paligsahan ng pisikalidad at higit pa sa isang labanan ng mga ideya. Habang patuloy na nagbabago ang teknolohiya, naniniwala ang tagalikha na ang lahat ng mga kaluluwa ay nararapat ng isang pagkakataon sa isang mas mahusay na buhay sa loob ng makina, habang naniniwala si Makoto na ang parehong mga kaluluwang iyon ay nararapat sa pagpipiliang iyon. Sa huli, talunin ng Makoto ang tagalikha at palayain ang mga taong nakunan mula sa laro. Ang ilang mga napalaya na manlalaro ay magiging masaya na bumalik sa katotohanan, habang ang iba ay walang nais na higit pa sa bumalik sa mundong iyon.
Ang kwentong aksyon na nakakagulat ng isip ay magtatapos sa ideya na ang sangkatauhan ay madalas na naghahanap ng pagtakas mula sa kanilang katotohanan, ngunit sa huli ay ang kanilang pagpipilian kung gaano katagal nila nais na ang kanilang 'mga kaluluwa' ay manatili sa kanilang perpektong mundo. Ang ideya ay magsisilbing isang meta-komentaryo para sa pagtaas ng teknolohiya dahil ito ay nagiging higit na isang paraan para sa pagtakas. Ghost sa Shell ay ang franchise na magsalita sa lumalaking kultura ng video game at teknolohiya at kung paano ito mabagal na nagbabago ng tanawin ng kung paano nakatira at nakikipag-ugnayan ang mga tao. Ang isang laro na may mga pangunahing ideya ng libreng kalooban at pagtakas ay mag-aalok isang salaysay na nakaka-bending ng isip sa paksang mapapanatili ang pakikipag-usap ng mga manlalaro sa darating na taon.
