Maraming mga misteryo ang sumasama sa paggalugad sa kalawakan Stellaris , na may iba't ibang antas ng gantimpala para sa isang emperyo na mahahanap ang mga ito. Ang isa sa mga pinakamahusay na maaaring saliksikin ng isang emperyo ay ang mga hudyat, mga alien na emperyo na daan-daang libo, kahit milyon-milyong taong gulang, na nakakubli kahit na ang nakakainsek na Fallen Empires. Ang mga emperyo na ito ay sumikat at pagkatapos ay nahulog sa iba`t ibang mga kadahilanan, at ngayon ang natira lamang ay ang kanilang mga misteryo at teknolohiya at iba pang mga kayamanan.
Ang mga lugar ng pagkasira ay matatagpuan sa anyo ng mga anomalya at mga site ng arkeolohiya para sa iyong mga ship ship na nagsasaliksik. Para sa bawat kaganapan na nahanap mo na sinasaliksik, binibigyan ka nito ng isang maliit na halaga ng alinman sa mga pisika, lipunan o mga punto ng pagsasaliksik sa engineering, pati na rin ang isang pasimula na artifact. Upang makita ang home system ng mga dating sibilisasyong ito, kakailanganin mong kolektahin ang anim na artifact.
Ang mga anomalya na ito ay kabilang sa pinakamahirap na saliksikin, kaya maaaring maging isang mahusay na diskarte na iwanan sila hanggang sa ang isa o higit pa sa iyong mga siyentista ay mag-angat sa kasanayan, kaya mas mabilis na pagsasaliksik sa kanila. Kung ang bawat paunang anomalya ay nasaliksik ngunit hindi mo pa rin natipon ang anim na artifact, huwag magalala. Sa paglaon, mag-uudyok ang mga kaganapan na magbibigay-daan sa iyo upang makakuha ng isa pang artifact. Maaari silang mag-iba mula sa isang pagtuklas na magdidirekta sa iyo sa isang anomalya sa isang planeta na dating sinaliksik o isang emperyo ng AI na natuklasan ang isang artifact at handang ibenta ito sa iyo para sa 1000 mga kredito sa enerhiya.
Mayroong limang mga pauna-unahang emperyo sa batayang laro, na may isa pang dalawa na idinagdag mula sa Sinaunang Relik DLC. Ang mga species ng mga imperyo na ito, kung paano sila nagpatakbo at kung paano sila nahulog ay magkakaiba-iba, bawat isa ay nagbibigay ng magkakaibang hanay ng mga gantimpala para sa pagkumpleto ng kanilang kwento.
Ang Imperyong Yuht ay isang lahi ng mga dayuhan na kakaunti sa bilang ngunit maaaring mabuhay ng libu-libong taon bawat isa. Naniniwala silang sila lamang ang matalinong mga species sa kalawakan para sa karamihan ng kanilang pag-iral hanggang sa nakatagpo sila ng imperyo ng Jabbardeeni. Sa kabila ng paunang kasiyahan sa pagtuklas na hindi sila nag-iisa sa kalawakan, ang Yuht ay naging paranoyd at takot sa mga dayuhan na natuklasan nila. Sa isang kabalintunaan, idineklara nila ang digmaan laban sa Jabbardeeni, na nais na lipulin sila bago pa sila lumakas. Sa kabila ng kanilang teknolohikal na kalamangan, ang Yuht ay natalo at ang kanilang emperyo ay gumuho, na ang kanilang homeworld ay nawasak ng isang colossus class starhip.
Ang Cybrex ay isang lahi ng mga makina na nagpabagsak at sumira sa kanilang mga tagalikha bago maglunsad ng giyera laban sa lahat ng organikong buhay sa buong kalawakan. Maya-maya pa, nagkaroon sila ng pagbabago ng puso at umatras, at ginawang bagong tahanan ang isang ringworld na kilala bilang Cybrex Alpha. Sa paglaon, natuklasan ng iba pang mga emperyo na ang Cybrex ay nakaligtas at naglunsad ng isang pag-atake na sumira sa buong ringworld, na walang paglaban ang lahi ng makina.
Ang Irassian Concordat ay dating isang emperyo na namuno sa karamihan ng kalawakan, na lumilikha ng isang hegemonya sa maraming hindi gaanong malakas o advanced na species. Gayunpaman, ang mga Irassian ay lubos na mahina laban sa kahit banayad na mga virus at sakit, na malapit nang mahawahan ng Javorian Pox. Sa kabila ng kanilang pagsisikap na mapaloob ang pagkalat ng virus at makahanap ng lunas, kalaunan ay sinalanta nito ang bawat isa sa kanilang mga planeta, na mabilis na natapos ang kanilang imperyo.
Ang Vultaum Star Assembly ay nakatuon sa pinakamataas na antas ng teknolohikal at pang-agham na pagsulong. Nakagawa sila ng isang nakakagulat na pagtuklas na ang kanilang buong kalawakan ay nasa ilalim ng pagmamanipula ng hindi kilalang mas mataas na mga kapangyarihan na tinatrato ang mga sibilisasyong ito tulad ng hindi ito isang laro. Sa kabila ng walang ibang dayuhang imperyo na naniniwala sa kanilang ligaw na teorya, naniniwala sila na ang tanging paraan upang makatakas sa ganitong pagkakaroon ng Matrix ay upang sirain ang kanilang sarili, at ang kanilang buong sibilisasyon ay mahalagang nagpakamatay.
Ang First League ay dating isang pederasyon na binubuo ng halos bawat emperyo sa kalawakan noong panahong iyon. Habang hindi bilang teknolohikal o militar na advanced tulad ng iba pang mga imperyo ng pauna, pinangibabawan nila sa pamamagitan ng lakas ng isang matibay na ekonomiya at network ng kalakalan. Ang kabiserang mundo nito, ang Fen Habbis III, ay naging isang powerhouse ng produksyon para sa kanilang emperyo. Habang ang napakalaking sukat ng First League ay ang pinakadakilang lakas, ito rin ang pinakadakilang kahinaan. Ang militar ng Liga ay umunat ng masyadong manipis mula sa hindi gaanong makapangyarihang mga emperyo ng miyembro na nagreklamo ng kawalan ng representasyon hanggang sa gridlock at katiwalian sa buong administrasyon at pag-roving ng mga mandarambong ng pirata at smuggler na gumugulo sa kanilang mga ruta sa kalakal. Sa paglaon, gumuho ang pederasyon na ito, kasama ang maraming mga emperyo na binawi ang kanilang pagiging miyembro at ang iba ay inaangkin ang kaya nila nang walang oposisyon.
Ang lahat ng mga emperyo na ito at marami pa ay mayroon nang mga nakakalipas na taon, at bilang karagdagan sa mga mapagkukunan at artifact mula sa kanilang mga lugar ng pagkasira, marahil isang aralin ay dapat ding makuha mula sa kanila. Ang bawat isa sa mga hudyat ay bumangon at pagkatapos ay bumagsak sa mga paraang katulad sa kung paano gumuho ang imperyo ng isang manlalaro kung gumawa sila ng isang kritikal na pagkakamali. Dapat mag-ingat ang mga manlalaro upang pamahalaan ang kanilang mga emperyo, upang malaman ang kanilang sariling mga kalakasan at kahinaan at kung paano mo ito mapapabuti. Kung hindi man, maaga o huli, ang iyong emperyo ay maaaring magdusa ng parehong kapalaran tulad ng mga nauna.
